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三元基因研發中心秉持技術原創理念，歷經三十年發展，先后建立重組蛋白藥物高效表達與純化技術平臺，重組蛋白藥物系列制劑技術平臺，高效、長效、安全新型干擾素制備技術平臺，以及通用免疫細胞治療技術平臺。2011年被北京市科委認定為北京市長效干擾素工程技術研究中心。三元基因研發的具有自主知識產權的國家一類新藥人干擾素α1b（運德素®）獲得十余項新藥證書和生產批準文號，并被評為國家重點新產品、北京市自主創新產品及中關村國家自主創新示范區新技術新產品。
三元基因憑借在基因重組蛋白質領域深厚的技術底蘊，在AI技術賦能下，系統性地完成了自主產權的膠原蛋白的分子設計、工藝開發和關鍵質量評價，已成功儲備多種結構的人膠原蛋白，并構建起全鏈條技術平臺。
三元基因研發中心于2001年被國家人事部批準設立博士后科研工作站，同時作為國家生命科學與技術人才培養基地，已累計培養研究生、博士后共計近百人。2018年三元基因被北京市科學技術協會批準成立院士專家工作站。三元基因先后承擔國家級和北京市重點科技計劃項目二十余項，獲得中國、美國、韓國、日本等國發明專利超過五十項，形成平臺鑄造人才，人才驅動發展的可持續創新成長模式。
通過大腸桿菌重組蛋白表達系統的載體優化、發酵工藝優化與純化工藝優化等技術，在國內率先創新制造出包括人干擾素 α1b、α2a、α2b 等在內的多種干擾素亞型，在中國市場上打破了進口干擾素的市場壟斷和價格高企局面。
通過建立重組蛋白高穩定性水溶液技術平臺，成功開發了干擾素等細胞因子藥物的水針劑、噴霧劑、滴眼液、預充式注射劑、卡式筆多劑量注射劑、微針、霧化吸入劑等產品，研究先后獲得國家高技術研究發展計劃（863計劃）、“十一五”重大新藥創制科技重大專項及“生物大品種改造項目”立項支持，并已獲得多項中國發明專利，其中“一種穩定的重組人干擾素α1b水溶液”（ZL 200410069390.4）技術曾榮獲第二十三屆中國專利獎優秀獎。此外，通過建立霧化吸入制劑與干粉吸入制劑技術平臺，成功開發了干擾素干粉吸入劑等吸入制劑產品，以及與多種藥物吸入組合給藥的臨床應用方案，并已獲得多項發明專利。
當前蛋白質藥物長效化技術以聚乙二醇（PEG）修飾、白蛋白融合表達為主，前者已實現產業化應用，市售進口長效干擾素（第一代長效干擾素）和多個開發中的國產長效干擾素均采用了PEG修飾技術，缺點是PEG分子隨機修飾在藥物的多個可修飾位點上，含多種修飾異構體的混合物分離十分困難，產量低、成本高。
三元基因創新性的PEG定點修飾技術，在藥物特定位點引入半胱氨酸殘基，使帶馬來酰亞胺（MAL）活化頭的PEG分子與之特異結合，達到定點修飾目的。修飾后純化工藝簡便、易放大，產物收率高、結構均一，易于質量控制，大大降低了制造成本，是一款綜合性能優越的創新型蛋白質藥物。“干擾素α突變體及其聚乙二醇衍生物” PCT專利技術（PCT/CN2007/003711）已在美國、日本、韓國、中國獲得授權。另有14項制劑研究和分析技術獲得中國發明專利授權（ZL 201010149849.7、ZL 201110339619.1、ZL 201210043375.7、201210043371.9、ZL 201210043687.8、ZL 201210043686.3、ZL 201210043688.2、ZL 201210043689.7、ZL 201210043385.0）。
2012年三元基因經北京市科委認定為“北京市長效干擾素工程技術研究中心”。基于上述創新技術開發的“聚乙二醇新型集成干擾素突變體注射液”已進入臨床研究階段。
三元基因將設計并建設細胞治療工程中心納入公司新廠區智能化生產和研發基地項目建設的整理規劃中。該平臺具備天然γδT細胞的激活和擴增核心工藝，能夠使γδT細胞的擴增倍數由450倍提高到16,000倍，為臨床研究開展多次輸注提供了重要保障。平臺目標是通過技術創新開發通用“現貨型”細胞治療產品，大幅降低成本，提高臨床用藥可及性。
RSV是嬰幼兒呼吸道感染的主要病毒，臨床危害大，全球缺乏針對性治療藥物，具有巨大的臨床需求和市場需求。人干擾素α1b霧化吸入的開發將為患者提供安全、有效、使用便利的治療RSV肺炎的藥物及治療方案。三元基因依托重組蛋白藥物高效表達和純化技術平臺、重組蛋白藥物系列制劑技術平臺，建立了完善的生產質量標準和控制體系，全面保障蛋白類藥物吸入用藥的有效性和安全性，未來將為兒科呼吸道病毒感染領域提供重磅級抗病毒產品。
三元基因立足目前尚未被解決的新冠臨床需求，關注新冠感染低齡患兒及密接者的緊急暴露后預防，通過人干擾素α1b霧化吸入為患者提供安全、有效、使用便利的治療方案。三元基因依托組蛋白藥物高效表達和純化技術平臺、重組蛋白藥物系列制劑技術平臺，建立了完善的生產質量標準和控制體系，全面保障蛋白類藥物吸入用藥的有效性和安全性。三元基因緊密跟蹤分析多種新冠病毒突變株的流行特征和致病特點，優化人干擾素α1b防治新冠病毒感染臨床試驗方案，實現早期介入，有效阻斷不斷進化的新冠病毒的復制，防治新冠感染后發病和惡性傳播。
在慢性乙型肝炎領域，針對臨床完全治愈率低和無效治療的嚴重問題，三元基因通過兩個環節為臨床提供精準診治新方案。第一、大力推進對干擾素療效相關基因的檢測項目，以此精準篩選干擾素有效人群。第二、加快高效、長效、安全的新型干擾素的臨床研究，使高效、長效、安全的新型干擾素盡快獲得上市許可，以替代性能單一的現有長效干擾素產品。該組合方案符合近年來全球和我國關于肝炎治療指南的導向，即以臨床治愈作為主要治療目標的精準診療。三元基因依托“重組蛋白藥物高效表達與純化技術平臺”、“高效、長效、安全新型干擾素制備技術平臺”和“北京市長效干擾素工程技術研究中心”，建立了干擾素療效相關新基因預測方法，大幅度提高乙肝患者抗原血清轉換預測準確率，積極推進新型長效干擾素期臨床試驗，組合基因檢測，構建國際領先的乙肝精準診療中國模式。
免疫細胞治療是一種新興的、具有顯著療效的全身性殺滅惡性腫瘤細胞的治療模式。三元基因聯合中國醫學科學院研究發現，γδT細胞與人干擾素α1b具有增強抗腫瘤協同效應。三元基因與擁有國際領先γδT細胞治療技術的公司合作，共同開發γδT細胞治療血液腫瘤和實體腫瘤的新方法。γδT細胞治療的安全性評價結果良好。三元基因依托智能化生產基地及其通用免疫細胞治療技術平臺，致力于高質量細胞治療產品研發生產。
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